คณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากร ได้พานักศึกษาไปฝึกหัดขุดค้นและขุดแต่งซากโบราณสถานที่เทวสถาน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ตั้งแต่วันที่ 5 พฤศจิกายน - 9 พฤศจิกายน 2512 จากผลการขุดแต่งแล้วนั้นปรากฏว่า มีระยะการก่อสร้าง 3 ครั้งหรือ 3 สมัยด้วยกัน
ครั้งแรกคงสร้างแต่องค์เทวสถานเพียงอย่างเดียว รูปเป็นปรางค์แน่เพราะฐานเดิมปรากฏอยู่เป็นรูปฐานย่อไม้ 20 และย่อเก็จทำเป็นซุ้มมุขทิศ 4 ด้าน ตามที่ปรากฏร่องรอยอยู่นั้นองค์ปรางค์ก่อด้วยอิฐใช้ดินดิบเป็นสื่อเชื่อมแทนปูนสอ ผิวนอกองค์ปรางค์ถือปูน
ระยะที่ 2 ก่อสร้างวิหารต่อด้านหน้าเทวสถานเพิ่มขึ้นอีก ซึ่งมีข้อสังเกตและหลักฐานอยู่ 2 อย่างคือ ลักษณะปูนถือและส่วนผสมปูนถือผนังวิหารต่างชนิดและต่างอายุกันกับปูนถือเทวสถานองค์ปรางค์ และตรงวที่วิหารกับเทวสถานปรางค์มาต่อเชื่อมกัน อิฐแยกออกจากกันอย่างมีระเบียบโดยมีแนวบัวที่ทำสำเร็จฝังอยู่ในผนังวิหารส่วนที่เชื่อมต่อกัน
ระยะที่ 3 ก่อสร้างระเบียงแบบเป็นห้องด้านหน้าและด้านข้างวิหารทั้งสองข้างดังที่ปรากฏแนวผนังเหลืออยู่นั้น ระเบียงคงใช้เป็นที่พักจำพรรษาหรือเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปในระยะหลังก็อาจเป็นได้ ตัวอาคารผนังก่ออิฐถือปูน หลังคามุงด้วยกระเบื้องดินเผาเช่นเดียวกันกับพระวิหาร.

เมื่อวันที่ 10 ธันวาคม 2501 ในขณะที่เจ้าหน้าที่ของกรมศิลปากรกำลังดำเนินงานสร้างอุโมงค์และทำบันไดเพื่อให้ลงไปชมภาพเขียนผนังภายในพระปรางค์วัดราชบูรณะ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ได้พบกรุพระพุทธรูปและพระพิมพ์บรรจุอยู่ภายในองค์พระปรางค์ โดยพยายามทำงานขุดค้นและควบคุมดูแลรักษานำของขึ้นจากกรุ ซึ่งวัตถุที่ค้นพบแบ่งออกได้หลายชนิดด้วยกัน คือ

1. พระพุทธรูป รูปพระโพธิสัตว์ เทวดา และพุทธสาวก แบ่งออกได้เป็น
   ก. พระพุทธรูปและรูปพระโพธิสัตว์ต่างประเทศ ที่สำคัญคือ พระพุทธรูป 8 ปาง แบบปาละ อายุราวพุทธศตวรรษที่ 13-15 นอกจากนี้ยังมีพระพุทธรูปปางมารวิชัย แบบปาละ แบบอินเดียภาคใต้รุ่นหลัง พระพุทธรูปแบบลังการุ่นหลัง แบบชวา แบบพม่า แบะพระพุทธรูปและรูปพระโพธิสัตว์แบบเนปาลหรือธิเบต
   ข. พระพุทธรูปในประเทศไทย แบ่งออกได้เป็น
   (1) พระพุทธรูปแบบทวารวดี พุทธศตวรรษที่ 11-16 บางองค์อาจทำในชั้นหลังและทำตามแบบทวารวดี
   (2) พระพุทธรูปและพระโพธิสัตว์แบบศรีวิชัย พุทธศตวรรษที่ 13-18
   (3) พระพุทธรูป รูปพระโพธิสัตว์ และเทวดา ในศิลปะแบบลพบุรี อายุราวพุทธศตวรรษที่ 17-19
   (4) พระพุทธรูปแบบสุโขทัย สกุลช่างวัดตระกวน 6 องค์ เป็นสกุลช่างที่คลายไปจากศิลปะแบบสุโขทัยไปมาก และยากที่จะกำหนดอายุเวลาได้ และไม่พบพระพุทธรูปแบบสุโขทัยแท้ ๆ
   (5) พระพุทธรูปแบบอู่ทอง แบ่งออกได้เป็น 3 ยุค คือ ยุคที่ 1 ราวพุทธศตวรรษที่ 17-18 ยุคที่ 2 ราวพุทธศตวรรษที่ 18-19 ยุคที่ 3 ราวพุทธศตวรรษที่ 19-20
   (6) พระพุทธรูปและรูปพระสาวกแบบอยุธยา
2. พระพิมพ์
   1. แบบต่างประเทศ คือ แบบปาละของอินเดีย
   2. แบบทวารวดี อาจเป็นแบบทวารวดี หรือทำเลียนแบบทวารวดีขึ้นในสมัยอยุธยา และแบบทวารวดีแต่มีศิลปะแบบลพบุรีเข้ามาปนบ้าง
   3. แบบลพบุรี เป็นพระพิมพ์ในแบบมหายาน
   4. แบบอยุธยา แบ่งได้ 2 แบบ คือ
      (1) เลียนแบบสุโขทัย ส่วนมากมักทำเป็นพระลีลา หรือบางทีเป็นปางยมกปาฏิหารย์
      (2) แบบอยุธยาแท้ ทำเป็นรูปพระพุทธองค์ ปางมารวิชัย ปางประทานอภัย ปางสมาธิ หรือปางประทานเทศนา
      นอกจากพระพิมพ์ที่เป็นพระพุทธรูปแล้ว ยังมีรูปสาวกโดด ๆ เช่น พระสังกัจจายน์ และรูปท้าวเวสสุวรรณ เป็นต้น
3. วัตถุอื่น ๆ เช่น แผ่นโลหะเขียนเป็นรูปพระพุทธองค์ปางมารวิชัยประทับนั่งบนดอกบัว เครื่องเชียนหมากทำด้วยโลหะ แก้วประเภทนพรัตน์และคันฉ่องโลหะฝีมือช่างจีน